Rupp, som har ett OS-silver på 10 000 m från London 2012, och tog brons på maran i OS i Rio förra året, i sin första start i det klassiska loppet.
– Jag hade gärna velat vinna men det kortet fanns inte i leken i dag. Jag får ge honom (Kirui) credd. Han sprang fantastiskt i dag, säger Rupp som var OS-trea i Rio-maran förra året.
Det blev även kenyanskt i damklassen. Edna Kiplagat, 38, vann på 2.21.52.
Det var ett stort säkerhetspådrag. För fyra år sedan dödades fem personer efter ett attentat mot loppet.