I den andra perioden förde 17-åriga Wilma Georgny upp Djurgården i ledning med sitt första SDHL-mål i karriären.
Bara ett par minuter senare utökade Brette Pettet för gästande Djurgården.
Brynäs hade inte mycket att sätta emot den här fredagskvällen och i den tredje perioden fastställde Alice Wallins resultatet 3-0.
Ida Boman höll nollan för andra gången den här säsongen och i och med segern passerar man Brynäs i tabellen och går upp på en sjundeplats.
– Jag kommer in bra i matchen, så det kändes bra. Segern är jättebetydelsefull, säger Boman efter stockholmarnas andra seger för säsongen.