Andersson blev tvåa, bara 18,5 sekunder efter Johaug i snöfallet i det mulna Falun där underlaget vare löst och tungt. Jessica Diggins sluggade sig in som trea.
– Det var tuffa förhållanden och jag fick kämpa för varje meter. Jag hittade ett bra flyt i åkningen ut från stadion. Jag fokuserade på att behålla det fina flytet i åkningen, säger Andersson, som startade två minuter före Johaug, till SVT Sport.
– Johaug är den bästa men hon fick kriga för att hålla undan för Ebba, säger SVT Sports expert Anders Blomquist.
Ingvild Flugstad Östberg åkte starkt och tog värdefulla poäng i jakten på den totala världscupsegern. Den ende utmanaren Natalija Neprjajeva var sjuk och tappade värdefulla poäng.
Säsongen avslutas med minitouren i Quebec nästa helg.