Halfvarsson var inför dagens tävling 29:a i totalen, 2,50 efter ledaren Harald Östberg Amundsen.
Efter att ha blivit utslagen i sprintkvalet öppnar svensken nu för att bryta Tour de Ski.
– Jag kan inte åka. Jag måste hem och få träna och komma tillbaka till min vanliga kropp. Det här känner jag inte igen.
Edvin Anger, Johan Häggström och Emil Danielsson var de enda svenskar som tog sig vidare från kvalet.
Javascript är avstängt
Javascript måste vara påslaget för att kunna spela video
Succékval för svenska damerna
På damsidan gick det bättre med sju av nio svenskor vidare.
Jonna Sundling var snabbast, 1:50 före Linn Svahn. Trea i mål var Maja Dahlqvist, 3:41 efter Sundling.