De tre missarna har skett inom en tolvmånadersperiod.
Simstjärnan vann överraskande OS-guld på 400 meter fritt i Tokyo 2021.
Sedan slog Victor Johanssons konkurrent till med två VM-guld på 800 och 1 500 meter fritt 2023.
Tunisiern drog sig ur OS i Paris förra året. Avstängningen gäller retroaktivt från den 11 april 2024 och han är fri att tävla igen från och med den 10 januari 2026.
Enligt Internationella simförbundets antidopningsorganisation har Hafnaoui erkänt sina missar med vistelserapporteringen.