Sjöström simmade i mål på 51,02, den sammanlagda tvåan i försöken, hemmasimmaren Femke Heemskerk, hade 52,48.
Den 3 augusti satte Sjöström världsrekord på 100 meter fritt i kort bana, då hon i Moskva noterade tiden 50,77.
Om den rekordtiden står sig även efter kvällens final i Eindhoven återstår att se.