Schweizaren skippade grussäsongen för att förbereda sig till fullo för grässäsongen. Det ser ut att bära frukt.
35-åringen tappade inte ett enda set under veckan i Halle och i finalen var Zverev chanslös.
Federer bröt direkt i första gem och sedan även i tredje tack vare starkt spel på volley. Därefter seglade schweizaren och vann första set på blott 24 minuter.
En desperat Zverev försökte tvinga fram Federer mer mot nät i andra set, men 35-åringen hade svar på tal även där.
Dagens seger är Federers nionde titel i Halle, och 92:a ATP-titel totalt.
Wimbledon drar i gång den 3 juli. En grand slam-turnering som 35-årige Federer har vunnit sju gånger.