Det var det 51:a mötet mellan giganterna och rekord på touren under Open-eran (räknat sedan 1969 då proffsen släpptes in i Grand Slam-turneringarna).
– Det är alltid en stor utmaning att spela mot honom. Han spelade bra och det gör han alltid när vi möts, säger Nadal till Reuters efter matchen.
Djokovic är på väg upp inför Franska öppna som startar nästa helg.
– Om du går ner lite i spelstyrka är han där och och hugger och ställer till problem, säger Nadal om Djokovic. Spanjoren har sju segrar i Rom men inte vunnit turneringen sedan 2013.