Enligt åtalet ska våldtäkten ha skett utanför en förskola 2013. Mannen, som är närståendet till barnet, åtalas också för ett försök till våldtäkt mot barnet vid ett annat tillfälle samma år.
Det var i februari i år som greps och anhölls som misstänkt för brottet.
Den åtalade mannen nekar till brott. Flera personer, bland annat skolpersonal, är kallade som vittne till rättegången som kommer att hållas i Eksjö tingsrätt under tre dagar i april.