Även Taiwan gör anspråk på de obebodda öarna, som i Japan kallas Senkaku och i Kina heter Diaoyu, och som kontrolleras av Japan.
Sedan september har Peking upprepade gånger skickat fartyg och flyg till området, vilket fått Japan att överväga att tillåta flygvapnet att skjuta varningsskott.
Japanska medier rapporterade att Taiwans kustbevakning avsatt sex patrullbåtar för att ”övervaka” aktivisternas båt. I ett uttalande sade kustbevakningen att den ska skydda aktivisterna och försvara Taiwans rätt till öarna.
I september duellerade japanska och taiwanesiska patrullbåtar med vattenkanoner efter en liknande aktion.
Japan har avfyrat vattenkanoner mot den taiwanesiska båten med aktivister på väg mot de omtvistade öarna, uppger Japans kustbevakning enligt AFP.
Båten med aktivister vände tillbaka mot Taiwan innan den nått fram till öarna, meddelar Taiwans kustbevakning. Resan tillbaka väntas ta sju timmar.