President Barack Obama ringde MSF:s ordförande Joanne Liu för att be om ursäkt för flygbombningen av organisationens sjukhus i afghanska Kunduz i helgen.
Obama talade också med Afghanistan president Ashraf Ghani och framförde sina kondoleanser.
MSF anser att det amerikanska flyganfallet mot sjukhuset i Kunduz är en attack mot Genèvekonventionerna. Organisationen kräver en oberoende internationell utredning.
– Det var inte bara en attack mot vårt sjukhus, det var en attack på Genèvekonventionerna. Det kan inte tolereras. Även i krig finns det regler, säger Joanne Liu.
MSF kräver att Genevekonventionen genomför en oberoende utredning av händelsen.
Attacken, som utfördes av amerikansk militär och krävde 22 människors liv och ett 40-tal skadade, har fördömts av omvärlden.