Med rep firades äntringsstyrkan ner från en helikopter och tog sedan kontroll över fartyget, uppgav Greenpeace på torsdagen.
De två aktivister som greps av rysk kustbevakning i onsdags hålls också fortfarande kvar av ryska myndigheter, enligt miljögruppen.
– Vår protest mot oljeborrningen fortgår men vår första prioritet är att få våra aktivister frigivna, säger organisationens Anna Havula till TT.
Arctic Sunrise ligger i närheten av en oljerigg i Petjorahavet. Syftet med Greenpeace-aktionen – som har pågått sedan i onsdags morse – är att protestera mot oljeproduktion i Arktis.
”Enormt övervåld”
Annika Jacobson, chef för Greenpeace i Sverige, tycker att bordningen är en kraftig överreaktion.
– Det här är ett enormt övervåld från ryska kustbevakningens sida, och det visar också hur långt den ryska regeringen är beredd att gå för att skydda så smutsiga och oansvariga oljebolag som Gazprom.
– Det första vi försöker göra nu är att få kontakt med besättningen. Vad vi förstår har de samlats i mässen ombord på kustbevakningsfartyget, där vi tror att även de som greps igår finns. Först söker vi kontakt alltså, men vi ber också president Putin att ge order till ryska kustbevakningen att dra sig tillbaka.
Hon konstaterar också att bordningen är olaglig eftersom fartyget låg på internationellt vatten.
Miljöorganisationens fartyg Arctic Sunrise går under nederländsk flagg och Ryssland har kallat till sig Nederländernas ambassadör för att visa sitt missnöje med protestaktionen, enligt Voice of Russia.
Tidigare hot om våld
Aktionen har pågått sedan i onsdags morse. I slutet av augusti genomfördes en liknande aktion, då Arctic Sunrise gick in i Karahavet genom Nordostpassagen för att protestera mot oljeborrning i Arktis.
Greenpeace beslutade den gången att lämna Karahavet sedan den ryska kustbevakningen hotat att ta till våld, uppger organisationen.