När Messi öppnade målskyttet tangerade han den förre Athletic Bilbao-spelaren Telmo Zarras rekord på 251 mål.
När matchen var över hade argentinaren utökat rekordet till 253 fullträffar.
Han firades av lagkamraterna som lyfte upp honom inför hemmasupportrarna som bjöd tillbaka med stående ovationer.
Det var det andra målrekordet på kort tid som 27-åringen raderade. I oktober blev han den förste att göra 71 mål i Champions League.
Barcelona vann med 5-1. Förutom Messi nätade Neymar och Ivan.