Tv-bilder visade hur poliserna trängde sig i området via en sidoingång och jagade demonstranter som försökte hålla sig fast i ett stängsel.
De anställda på kulturdepartementet protesterar mot obetalda löner och mot planerna på att 320 visstidsanställda ska få lämna sina jobb inom kort.
Polisen använde tårgas mot demonstranterna och mot journalister som trängdes runt inhägnaden, rapporterar AFP.
Demonstranterna gjorde våldsamt motstånd och fem av dem greps, uppger polisen för Reuters.
– Demonstranterna hade bytt ut låset till huvudingången. De höll i nycklarna till Akropolis, sade vice kulturminister Telemachos Hytiris till lokal tv.
Grekland är försjunket i svår ekonomisk kris och var nyligen nära en total kollaps i statsfinanserna. För att skära ner på utgifterna har regeringen aviserat drastiska nedskärningar i den offentliga sektorn.
TT/AFP