Beskedet kom på onsdagseftermiddagen, lokal tid i Chicago, efter att juryn överlagt i två dagar.
R Kelly, som är 55 år, fälldes förra året på nio åtalspunkter i ett annat mål i en federal domstol i New York. Straffet fastställdes i juni i år till 30 års fängelse. Han ansågs ha utnyttjat sitt kändisskap för att locka till sig kvinnor och minderåriga flickor som han sedan förgripit sig på.