Enligt BBC:s nätupplaga har profilen för Irans president Mahmoud Ahmadinejad redigerats från en CIA-dator samt att Vatikanen redigerat uppgifterna om katoliken och Sinn Féin-ledaren Gerry Adams.
Ändringarna kan stå i strid med Wikipedias riktlinjer för intressekonflikter, säger en taleskvinna för internetsajten.
Wikipedia är ett gratis uppslagsverk på internet som vem som vill kan lägga in uppgifter på och redigera.
Programmet Wikiscanner har utvecklats av forskaren Virgil Griffith vid Santa Fe Institute i New Mexico. Det blev tidigare i månaden utlagd på en webbsida och blev snabbt överhopad med sökningar.
Programmet gör det möjligt att spåra från vilken dator uppgifterna i Wikipedia redigerats.
Wikiscanner avslöjar att CIA-datorer använts vid redigering av den USA-ledda invasionen i Irak samt att CIA-datorer använts angående den förre CIA-chefen William Colby när det gäller hans karriär samt hans insatser under Vietnamkriget.
Flyg- och satellitfoton från USA:s fångläger för terrormisstänkta vid Guantanamo Bay har tagits bort av en dator som har kunnat spåras till FBI, visar Wikiscanner.
CIA-talesmannen George Little sade att han inte kunde bekräfta att några CIA-datorer använts.
Inte heller FBI har velat kommentera uppgifterna. Datorer från en rad andra organisationer har också redigerat Wikipedia.
TT/Reuters