En av de drabbade hundägarna säger att hon lämnade två hundar på pensionatet, men bara fick tillbaka en levande.
Den andra hunden låg död i en svart sopsäck i frysen.
-Vi har fått en anmälan och ska göra en tillsyn, säger djurskyddsinspektör Anna Kanstrup till Smålandsposten.
Hundpensionatets ägare vill inte kommentera det inträffade.