Hur många transaktioner som berörts är oklart. Swedbank arbetade på fredagen med att rätta alla fel före helgen.
Om ett konto övertrasserats av ett dubblerat uttag, kräver banken ingen avgift. Drabbade kunder kan se uttagen på sina kontoutdrag.
Ett likadant fel drabbade Ica Banken i augusti. Då berördes nästan en halv miljon transaktioner.