Räden kommer dagen efter att minst 23 soldater dödats i självmordsdåd mot militära vägspärrar på Sinaihalvön, nära gränsen mellan Egypten och Gazaremsan. IS har i ett uttalande tagit på sig attacken, som var den dödligaste på flera år.
Under lördagen begravdes minst 21 av soldaterna runt om i landet, uppger säkerhetskällor.
Sedan den egyptiska militären störtade den islamistiske presidenten Muhammad Mursi 2013 har IS dödat hundratals poliser och soldater i landet.