Signalfelet inträffade runt 14-tiden på måndagseftermiddagen och alla stationer mellan Gävle och Sundsvall påverkas.
Orsaken är ett flertal fel i signalsystemet orsakat av blixtnedslag strax söder om Söderhamn, men tåg kan nu passera förbi platsen.
LÄS MER: 10 000 utan ström efter blixtnedslag
Trafikverket uppmanar alla resenärer att kontakta sitt tågbolag för mer information.
Stationer där tågtrafiken kan påverkas:
Gnarp, Gävle, Hudiksvall, Iggesund, Ljusne, Söderhamn samt Sundsvall.