Larmet kom vid 14.30-tiden på fredagen. Tre personer befann sig i båten som välte, men två av dem tog sig i land på egen hand.
Ett stort sökpådrag med räddningstjänst, polis och fjällräddare påbörjades för att hitta mannen. Polisens dykare hittade mannen i vattnet vid halv femtiden på lördagsmorgonen, i ett område där vattensökshunden markerat. Mannen var 38 år och hemmahörande i Stockholms län.
Mannens anhöriga är underrättade. Enligt polisen finns det i nuläget ingen misstanke om brott.
– Det mesta tyder på att det är en tragisk olycka, säger Maria Linné, kommunikatör på polisen.