Mannen förhördes av polisen i onsdags och anhölls sedan. Klas Hellgren, kammaråklagare, begärde sedan honom häktad på sannolika skäl, vilket är den högre misstankegraden.
Eksjö tingsrätt gick på åklagarens linje och häktade mannen på sannolika skäl misstänkt för brottet.
– Våldtäkten ska ha skett inomhus i en bostad, säger Klas Hellgren.
Enligt häktningsframställan bor mannen på adressen där den misstänkta våldtäkten begicks.
Hellgren kan inte svara på vilken relationen mannen har till kvinnan.
Enligt åklagaren förnekar han brott. Mannen är hemmahörande i Aneby kommun.