Hon ställer sin plats till förfogande i samband med förbundets kongress i maj.
Annelie Nordström kommer att sitta kvar som ordförande under vårens avtalsrörelse, säger hon vid en presskonferens på onsdagen.
Hård kritik har riktats mot Kommunal efter en serie avslöjanden, bland annat en lägenhetsaffär där utrikesminister Margot Wallström fått en lägenhet i Stockholm av fackförbundet. Inför presskonferensen hade två av Kommunals avdelningar krävt ordförandens avgång.
Under onsdagens morgon kom dessutom nya skräcksiffror för Kommunal. Sedan i måndags har antalet medlemmar som vill hoppa av nästan fördubblats efter att skandalerna kring fackförbundet avslöjades. Siffran 9 600 är en mardröm för ordförande Annelie Nordström, som valt att stanna kvar.
– Det är ett massavhopp. Det är ett så stort antal att det är ohållbart för förbundet, säger Anders Kjellberg, professor i sociologi vid Lunds universitet, när han hör senaste siffran för hur många som begärt utträde ur Kommunal.