Händelsen inträffade vid Regementsområdet vid lunchtid.
– Pojken har förts till sjukhus med ambulans. Vi har kunnat prata med honom initialt, säger polisens presstalesperson Filip Annas.
Enligt Region Skåne har pojken lindriga skador.
Polisen har spärrat av platsen och det pågår en sökinsats för att hitta den misstänkta gärningspersonen.
– Vi har utrymt byggnaden på inrådan av polisen. Vi följer våra säkerhetsrutiner, säger Anna Bergstedt.
Misstänkt mordförsök
Tågtrafiken genom Ystad stoppades under ett par timmar, men släpptes på igen vid 14-tiden.
– Polisen har sagt till att det ska vara tågstopp. Tågen vänder i Svarte och Tomelilla, säger Beisi Sundin som är presskommunikatör på Trafikverket.
Polisen utreder händelsen som försök till mord.
Texten uppdateras.