Trafiken rullar nu igen efter stoppet under morgonen, uppger Trafikverket.
Tågen kom igång strax före klockan tio.
– Men det blir ändå följdförseningar under dagen eftersom byggts upp tågköer, säger Johan Tjerneng på Trafikverkets pressjour.
Det är oklart vad som orsakade signalfelet i Flemingsberg som var anledningen till stoppet.