Fartyget var på väg från Malmö till Travemünde när olyckan skedde. Enligt danska försvaret ska fartyget ha fraktat både gods och passagerare.
– Personalen såg senast mannen klockan sex på morgonen i fartygets övervakningskameror. Klockan nio anmäldes han som saknad, säger vakthavande på danska försvarets operationscenter.
Danska, svenska och tyska enheter från hemvärnet och sjöräddningen sökte efter mannen innan en dansk räddningshelikopter observerade mannen och han kunde flygas till sjukhus i Köpenhamn.
Mannens tillstånd ska vara kritiskt och han fick första hjälpen ombord på helikoptern. När mannen hittades var han kraftigt nedkyld, efter att ha legat några timmar i vattnet.