Efter misshandeln ska mannen ha tagit med sig barnen och åkt iväg med en båt.
Polisen kontaktade kustbevakningen för att lokalisera mannen. Vid fyratiden på morgonen fick de napp, och polisen kunde gripa honom i närheten av Torshälla. Han misstänks nu för misshandel och olaga hot.
Kvinnan var inte i akut behov av sjukvård och behövde inte uppsöka sjukhus.
På måndagsmorgonen beslutade åklagare att mannen inte lägre behöver sitta frihetsberövad, men att han fortfarande är misstänkt.