Det är de övre delarna av vattendragen Svärtaån, Trosaån och Nyköpingsån som omfattas av varningen, som gick ut vid lunchtid på onsdagen.
Enligt SMHI gäller varningen för höga flöden i små vattendrag i Södermanlands län och de södra delarna av Stockholms län.
De höga flödena väntas kulminera under denna veckas slut.