Larmet kom vid 02.36 natten mot onsdag.
Bilen, som stod parkerad i anslutning till polishuset, brann. Räddningstjänsten kunde släcka branden, som inte ska ha spridit sig.
– Det är ingen polisbil utan en annan bil som ingick i en utredning, säger Anna Westberg, presstalesperson vid Stockholmspolisen.
Ingen är gripen i ärendet.