Släckningsarbetet tog bara en timme men runt en tredjedel av byggnaden är brandskadad.
Enligt Räddningstjänsten startade elden troligen på utsidan av huset
En teknisk undersökning ska göras senare under dagen.
Lillholmsskolan är en kommunal grundskola med runt 550 elever från förskola upp till nionde klass.