På söndagskvällen meddelade polisen att två personer har anhållits efter intrånget.
– De är anhållna för obehörigt tillträde till skyddsobjekt. Efter förhör kommer åklagaren att fatta nya beslut. I övrigt vet jag ingenting om de här individerna, säger Mats Eriksson, presstalesperson vid polisen i Stockholm.
Vakt sköt varningsskott
Intrånget upptäcktes vid 01-tiden under natten mot söndagen.
– I samband med omhändertagandet har skyddsvakten avlossat ett varningsskott på grund av att individerna inte har agerat enligt hans direktiv, säger Magnus Jirlind, vakthavande kommunikatör vid Försvarsmakten, till SVT.
Båda personerna som gjorde intrång är utländska medborgare.
– Jag har inte information om vilken nation det rör sig om, säger Magnus Jirlind.
Han har inte heller någon information om vad personerna gjorde på området.
Kan ge böter eller fängelse
Efter att försvaret omhändertog personerna, överlämnades de till polisen som utreder ärendet vidare. Att vistas utan tillstånd på ett skyddsobjekt kan ge böter eller fängelse.
Musköbasen, som ligger insprängd i berget på Muskö i Haninge kommun söder om Stockholm, är ett militärt skyddsobjekt och personerna omhändertogs i enlighet med skyddslagen. Anläggningen inne i berget har en yta som motsvarar Gamla stan i Stockholm.
Försvarsmakten har avvecklat delar av sin verksamhet där, men torrdockorna används fortfarande för underhåll av marinens fartyg.