Pendeltågen stannade inte mellan Huddinge och Tumba under två timmar på grund av signafelet vid Flemingsberg.
Även SJ:s tåg mellan Stockholms C och Nyköping/Norrköping/Eskilstuna/Malmö/Göteborg/Karlstad påverkades.
Vid 19-tiden gick trafiken igång igen, men med fortsatta förseningar.
– SJ-tåg kan nu gå med full fart norrut. De rullar också söderut, men långsammare i den riktningen, säger Brita Lundkvist, pressjour på Trafikverket.
Även pendeltågen har börjat rulla långsamt förbi Flemingsberg.
– Stoppet berodde på ett elfel, men jag vet inte vad det var för något, säger Lundkvist.