Våldtäkterna har enligt domen skett vid tre tillfällen.
Utöver våldtäkt mot barn döms tonåringen för sexuellt ofredande mot ett barn som vid tidpunkten var under tio år.
16-åringen döms även för misshandel efter att han slagit och sparkat en annan pojke.
Erkänner misshandel
16-åringen erkänner misshandeln men nekar till att ha utfört våldtäkterna och sexuellt ofredande.
Påföljden för brotten blir sluten ungdomsvård i ett år.