Attacken mot basen ska ha inletts mitt i natten och av de 60 militärer som befann sig på basen dödades 43, nio skadades och sex saknas fortfarande, enligt landets försvarsdepartement.
Dådet inleddes med två fordonsbomber i går kväll, och strider pågick sedan i området under natten.
Tillvägagångssättet påminner därmed om flera liknande händelser den senaste tiden. I Gardez i provinsen Paktia sprängdes i tisdags tre fordon, vilket banade väg för över tio gärningsmän att ta sig in på en polisanläggning. Dagen efter räknades till över 60 döda.
Och i grannprovinsen Ghazni dödades ett 20-tal personer i en liknande stormning av en polisbyggnad, även det i tisdags.
Nio talibaner ska också ha dödats i striderna.