Efter att rösterna i presidentvalet räknats i en fjärdedel av vallokalerna på onsdagskvällen hade al-Sisi fått 80 procent av rösterna, rapporterar Reuters och hänvisar till officiella källor. Valdeltagandet angavs av samma källor till 44,4 procent.
Hans enda rival, Hamdeen Sabbahi, hade fått tio procent av rösterna.
Egyptierna hade getts en tredje valdag för att få möjlighet att rösta fram en ny president. Trots det var det fortsatt glest vid valurnorna, och förlängningen av valet med en dag ses av många som ett sätt att ge förre arméchefen al-Sisi legitimitet för posten.
Bojkottas av brödraskapet
Valmyndigheterna motiverade sitt beslut med att få upp röstdeltagandet, från de första två dagarnas skrala 37 procent. Myndigheterna skyllde på värmeböljan, och hänvisade till att fler röstade sent på tisdagskvällen när det var svalare, rapporterar al Jazira.
Medlemmar i Muslimska brödraskapet bojkottar valet. Enligt flera analytiker ser många egyptier det som meningslöst att rösta om ett redan förutbestämt resultat. al-Sisi väntas vinna lätt.
– Alla val i det här landet är riggade, sade Muhammad Ali Hagar, en av dem som avstår från att rösta, till AFP.
Varken al-Sisis eller motståndaren Hamdeen Sabbahis organisationer är nöjda med beslutet om att förlänga valet.