Videla har redan dömts till livstids fängelse för brott i det ”smutsiga kriget”.
Den 84-årige Jorge Videla är åtalad för morden på 32 fängslade personer samt för att ha bortfört och torterat ytterligare sex personer.
Tillsammans med ytterligare ett 20-tal åtalade, däribland förre generalen Luciano Menendez, infann sig Videla i rätten i Cordoba.
Enligt åtalen ska militären ha fört bort fångarna från fängelset i Cordoba och sedan skjutit dem. Nya bevis har framkommit, sedan kroppar har hittats i omärkta gravar i huvudstaden Buenos Aires.
Genom rättsmedicinska undersökningar har deras identitet kunnat spåras.
Över 30.000 offer
Videla och militären tog makten vid en kupp 1976. Sedan följde år av förföljelse och mord på oppositionella och oliktänkande.
Omkring 30.000 människor dödades eller försvann under det så kallade smutsiga kriget. Videla anses allmänt ha varit den ledande i den brutala strategin att förgöra all opposition.
Regimen och Videla försökte samtidigt förbättra det internationella anseendet genom att arrangera fotbolls-VM 1978.
Jorge Videla lyckades behålla makten fram till 1981. Fyra år senare ställdes han inför rätta och dömdes till livstids fängelse. Han benådades 1990 av dåvarande presidenten Carlos Menem.
Det argentinska parlamentet hävde 2003 lagarna om amnesti för dem som begått brott mot mänskligheten under diktaturen.
Nya rättegångar väntar
Men såren från de brutala åren håller fortfarande på att läka. I våras godkände Högsta domstolen ett beslut i parlamentet att upphäva benådningen av Videla.
Ett 60-tal vittnen ska höras under rättegången som väntas pågå året ut. I september inleds ytterligare en rättegång mot Videla, som då står åtalad för att ha kidnappat 33 spädbarn från deras politiskt aktiva föräldrar.
Flera länder har dessutom krävt att Videla utlämnas för rättegång, däribland Italien, Frankrike, Spanien och Tyskland.
TT