Enligt militärjuntan begick Allende självmord, men krav har ställts på ett klarläggande av dödsfallet.
Allende, Chiles första socialistiske president, påträffades död i presidentpalatset då kuppmakarnas soldater drog sig allt närmare byggnaden.
Socialisten Salvador Allende valdes till Chiles president 1970, men störtades alltså i kuppen 1973.
Enligt den officiella historieskrivningen valde Allende att ta sitt eget liv framför att gripas av militären, men i dag sade chilenska myndigheter att de kommer att granska omständigheterna kring händelsen. Det är del i en ny utredning av totalt 726 påstådda fall av brott mot mänskliga rättigheter som Pinochets regim anklagas för.
Självmordet har länge varit ifrågasatt av vissa politiker och människorättsgrupper.
-Detta kommer slutligen att ge klarhet i vad som hände, sade åklagaren Beatriz Pedrals som håller i fallet.
Utredningen av Allendes död inleds sedan domaren med ansvar för de människorättsliga anklagelserna mot Pinochet, Sergio Munoz, öppnat för fall där offer inte gjort någon anmälan.
-Det är nödvändigt att vi utreder om det var ett självmord, och omständigheterna runt händelsen, sade han.
TT/SVT