Männen dömdes för att ha förolämpat gud och konsumerat alkohol och droger. De ska ha fått ta emot mellan 80 och 100 piskslag var inför dussintals personer, enligt vittnen.
Aqap betraktas av USA som den farligaste grenen av terrornätverket och kontrollerar delar av provinsen Hadramawt där al-Shihr ligger.