Ombord på fiskefartyget fanns ett fyrtiotal personer från den närliggande självständiga nationen Komorerna.
Enligt regeringen överlevde 19 personer olyckan, medan fem har hittats döda och ytterligare 15 saknas.
Mayotte är en del av ögruppen Komorerna i Indiska oceanen. Medan tre av öarna valde självständighet 1975 blev Mayotte kvar under franskt styre.