Det meddelade Kubas regering i ett uttalande undertecknat Fidel Castro som lästes upp i kubansk tv i natt.
Castro, som fyller 80 år den 13 augusti, har lett Kuba sedan revolutionen 1959 men har aldrig tidigare delegerat makten offentligt.
75-årige Raul tar nu tillfälligt över rollen som ledare för Kommunist- partiet, som ÖB och president.
Blödningar i tarmen
Enligt uppgifterna ska Fidel Castro ha lidit av någon form av magsår orsakade av stress. Castro har nyligen kommit hem från en resa till Argentina där han framträtt i flera offentliga sammahang vilket ska ha påverkat hans hälsotillstånd, uppger nyhetsbyrån AP.
-Operationen tvingar mig att vila i flera veckor, sade Castro enligt det uttalande som hans sekreterare läste upp i kubansk tv.
Operationen uppges vara komplicerad.
Lillebror tar över
Fidel Castro lät också meddela att firandet av hans 80-års dag får skjutas upp från den 13 augusti till den 2 december, då Kuba firar 50 års jubileum av revolutionen.
Brodern Raul Castro som fyllde 75 år i juni, är Kubas andreman. Han har fått en allt mer offentlig roll de senaste veckorna. Fidel Castro är den ledare i världen som suttit längst vid makten. Endast Storbritanniens drottning Elizabeth, som har suttit på tronen sedan 1952, har varit statsöverhuvud längre än Castro.