Haavisto utreds av centralkriminalpolisen för tjänstebrott och brott mot samarbetsskyldighet inom ämbetsverk.
Misstankarna berör ministerns hantering av bland annat återvändande finländska barn från det syriska IS-lägret al-Hol i höstas, skriver svenska Yle.
Detta då han ska ha förberett en förflyttning av en ansvarig tjänsteman som efterlyst politisk styrning i det infekterade ärendet.
Haavisto förnekar brott.