Aktivisterna hade då avvisat kustbevakningens krav att flytta fartyget. Det togs sedan på släp bort från platsen.
Esperanza låg utanför Norges territorialgräns och organisationen anser att bordningen bryter mot internationell lag.
– Vi är upprörda över Norges beslut att stoppa en helt laglig protest, kommenterar Sune Scheller, organisationens ansvarige för Arktiskampanjen i ett pressmeddelande.
Tidigare under fredagen lämnade Greenpeace över 120 000 namnunderskrifter mot borrningarna utanför naturreservatet Björnön till det norska miljödepartementet.
I ytterligare en protest mot borrningarna klättrade aktivister i onsdags upp på oljeplattformen. De avlägsnades av norsk polis och förhördes i Tromsö innan de släpptes.