Förslaget fick stöd av bara 20 deltagare i det pågående Cites-mötet i Qatar, medan 68 röstade emot det och 30 lade ned sin röst.
Det omfattande fisket av blåfenad tonfisk i östra Atlanten och Medelhavet har lett till att beståndet har minskat med 80 procent.
Både USA och EU har förespråkat ett handelsförbud för att rädda arten från utrotning, men Japan hävdar att läget inte är så allvarligt. Merparten av tonfisken konsumeras av japanerna, inte minst i form av sushi.
Miljöorganisationer Greenpeace kritiserade beslutet och uppmanade EU att på eget hand ta ansvar och upphöra med fisket. Över hälften av den blåfenade tonfisken fångas av EU-flottan, enligt Greenpeace.
TT