Premiärminister Yoshihiko Noda meddelade på lördagen att reaktorerna, som drivs av energikoncernen Kansai (Kepco), återstartas.
Anläggningen i Ohi (Oi) förser storstaden Osaka med omgivningar med el. I området i västra Japan ligger en mängd viktiga industrier.
Nu har arbetet med att få i gång en av verkets reaktorer inletts. En andra reaktor startas den 21 juni. Från den 4 juli ska kraftverket leverera el till nätet.
Kan ransoneras
Beslutet kan bana väg för att fler av Japans 50 reaktorer startas på nytt. Det innebär en seger för kärnkraftsindustrin och avspeglar regeringens oro över de ekonomiska konsekvenserna om kärnkraften överges.
Kansai har enligt BBC haft planer på att ransonera el enligt ett rullande schema. Sådana avstängningar – som också förekom förra året – är mycket illa omtyckta av näringslivet.
Sedan katastrofen i mars förra året, då Fukushimaverket på östkusten slogs ut av jordbävningar och en jättetsunami, har lokala myndigheter varit obenägna att ge driftstillstånd. Issei Nishikawa, guvernör i Fukuiprefekturen på ön Honshu där Ohi ligger, är emellertid för kärnkraft och har gett klartecken.
Minskat stöd
I en mätning gjord för det statliga etermediebolaget NHK är en fjärdedel av 1.079 tillfrågade positiva till en återstart i Ohi. 32 procent är emot och 38 procent har ingen åsikt. Nyhetsbyrån Jiji har återgett en mätning där hela 48 procent är emot att starta reaktorerna.
I fredags besöktes premiärministerns kansli av Nobelpristagaren Kenzaburo Oe, som överlämnade 6,5 miljoner namnunderskrifter från motståndare till kärnkraften.