Delstaterna Baden Württemberg och Bayern är fortsatt hårt drabbade efter att vattennivåerna stigit över det normala i floden Donau och dess bifloder.
Under söndagen uppgav bayerska myndigheter att 3 000 personer evakuerats. Flera har räddats i båtar och helikoptrar. Tågtrafiken ställdes in mellan delstaternas båda huvudstäder Stuttgart och München.
Omkring 40 000 räddningsarbetare arbetade i Bayern för att hjälpa till i arbetet med översvämningarna, enligt Süddeutsche Zeitung.
Brandman dog under insats
I en de hårdast drabbade städerna, Augsburg i Bayern, brast en damm under lördagen vilket ledde till akuta evakueringar, rapporterar Deutsche Welle.
Javascript är avstängt
I staden Pfaffenhofen an der Ilm, några mil utanför Augsburg, dog en brandman under lördagskvällen efter att en räddningsbåt kantrat.
Ytterligare en brandman saknas efter att en annan gummibåt kantrade i kommunen Offingen, enligt Deutsche Welle.
Under måndagen bekräftade polisen för tyska nyhetsbyrån dpa att en kvinna har hittats död i en översvämmad källare i Schrobenhausen.
Lovar stöd till de drabbade
SVT:s Europakorrespondent Christoffer Wendick på plats i översvämningsområdet berättar att läget fortfarande är kritiskt.
– Under natten brast skyddsvallar man byggt upp för tredje gången, vilket gör att vattnet fortsätter pressa hitåt, säger han.
På vissa platser har det under ett dygn regnat lika mycket som det normalt gör på en månad.
– Innan dess har det också regnat väldigt mycket. Redan för en vecka sedan stod vattenpelaren väldigt högt, säger Christoffer Wendick.
Tysklands förbundskansler Olaf Scholz har lovat federalt stöd till de som drabbats, under dagen besökte han Reichertshofen i sydöstra delen av Bayern.
– Vi kommer att göra allt vi kan... för att säkerställa att hjälp kan tillhandahållas snabbare, sade han under besöket enligt Deutsche Welle.