Den 36-årige Stankovic anklagas för att ha våldtagit och förslavat kvinnor i staden Foca. Han fördes under stort säkerhetspådrag från flygplatsen till häktet i Sarajevo.
Samtidigt får Serbien beröm av FN-tribunalens ordförande Carla del Ponte för att ha överlämnat 16 miss- tänkta personer till Haag.
Serbien har också lämnat över dokument och försett tribunalen med vittnen. del Ponte uttryckte dock besvikelse över att sex misstänkta krigsförbrytare fortfarande håller sig gömda, troligen i Serbien.