Beslutet är ett resultat av samtal mellan katolska kyrkan och president Raul Castro, enligt ärkebiskopens kansli.
Fången, den 46-årige Ariel Sigler Amaya, är förlamad.
Sex andra politiska fångar ska flyttas till fängelser i sina hemregioner för att komma närmare sina familjer, uppgav kyrkan.
Sigler dömdes till 20 års fängelse sedan han gripits tillsammans med 72 andra när regeringen i mars 2003 gjorde ett tillslag mot dissidenter.
53 av gruppens medlemmar sitter fortfarande fängslade.
I början av juni började regeringen flytta politiska fångar närmare deras familjer.
Samtalen mellan kyrkan och regeringen hölls också i hopp om att få slut på den hungerstrejk till stöd för de oliktänkande fångarna som börjar bli politiskt pinsam för Havanna.
TT