Laschet fick 77,5 procent av de lagda rösterna, mot 22,5 procent för den i opinionsundersökningar betydligt mer populäre utmanaren Markus Söder, som leder det bayerska systerpartiet CSU.
Under tisdagen meddelade Söder att han ger upp striden och Armin Laschet blir det som efterträder Merkel och kandiderar till förbundskanslerposten.
Uppslitande strid
De två ledarna har ägnat sig åt en uppslitande strid inför öppen ridå, som tvåpartiblocket efter omröstningen nu hoppas få ett slut på.
Normalt är det här inte ett problem, då det mindre CSU i förbundslandet Bayern inte brukar utmana det nationella CDU om en förbundskanslerpost.
Extra problematiskt har det varit med en maktkamp mindre än ett halvår före det tyska parlamentsvalet.
Förbundskansler Angela Merkel har redan lämnat över partiordförandeskapet i kristdemokraterna CDU, och i samband med valet tackar hon för sig efter 16 år vid makten.
Söder accepterar
Söder har tidigare uppgett att han skulle acceptera CDU:s ledarskaps beslut och kliva åt sidan om ledarskapet valde hans rival, för att inte skapa en spricka mellan CDU och CSU.
– Tärningen är kastad, Armin Laschet blir kanslerkandidat. Vi stöttar honom fullt ut, utan något agg, sade Söder efter beskedet att han officiellt gett upp striden.