De sex männen är mellan 19 och 21 år, av somaliskt ursprung och vänner.
Federala polisen (FBI) har haft dem under bevakning. De ska under tio månaders tid ha planerat att resa iväg. Några av dem uppges vid flera tillfällen ha försökt lämna landet.
De ingår i en FBI-utredning som pågått under ett år om unga män från regionen som försöker resa till Syrien för att ansluta sig till Islamiska staten, uppger åklagare. Däremot finns det inga tecken på att de skulle ha närt planer på att utföra attacker i USA.
Fyra av männen greps i Minneapolis i söndags och de två övriga i Kalifornien efter att ha åkt från Minneapolis till San Diego.
– Vi har problem med terrorrekrytering i Minnesota, sade åklagaren Andrew Luger på en presskonferens.