Flera tiotal människor saknas fortfarande och 70 000 anställda inom polis, räddningstjänst och militär fortsätter sina insatser för att hitta överlevande och offer nu när vattnet börjat sjunka.
Inte förrän nu har räddningsinsatser nått vissa områden som har isolerats av översvämningar eller jordskred. Hundratals människor har räddats från hustak där de sökt skydd.
Dödssiffran är den högsta för en regnrelaterad katastrof i landet på över tre decennier.
Japans premiärminister Shinzo Abe har ställt in en utlandsresa på grund av katastrofen och väntas besöka de drabbade områdena senare i veckan.